ในโลกของ Valkyria Drive: Bhikkhuni จะมีการแพร่ระบาดของไวรัสประหลาดที่โผล่มาจากไหนก็ไม่รู้ โดยเจ้าไวรัสตัวนี้จะติดเฉพาะกับเด็กสาววัยรุ่นเท่านั้น โดยหลังจากที่ติดเชื้อไปแล้ว สาวเจ้าก็จะสามารถกลายร่างเป็นอาวุธสุดร้ายกาจได้ โดยเจ้าไวรัสนี้มีสองสายพันธุ์ นั่นก็คือ A และ V (ไวรัส AV ว่างั้น)

เพื่อปกป้องและกักกันหล่าเด็กสาวที่ติดเชื้อ นานาชาติจึงได้สร้างเกาะขึ้นมาให้พวกสาวๆ อยู่ โดยมีทั้งสิ้นอยู่ 5 เกาะ โดยเมื่อเวลาผ่านไปชาวเกาะ Bhikkhuni นั้นประสบความสำเร็จในการควบคุมไวรัสชนิด V ได้ สาวๆ ก็เลยแห่กันมาสมัครเรียนในโรงเรียนบนเกาะแห่งนี้ เพื่อหวังว่าจะเอาชนะ ควบคุมไวรัสที่มีอยู่ของตน

และในโรงเรียนแห่งนี้เอง ก็ได้มีสองศรีพี่น้อง Rinka และ Ranka Kagurazaka ที่เป็นตัวเอกมาเข้าเรียนด้วยเช่นเดียวกัน ซึ่งพวกเธอก็ได้รู้ว่า วิธีการเดียวที่จะควบคุมไวรัสได้ ก็คือสู้กับพวกที่ติดเชื้อด้วยกันเอง